המונח שיתוף פעולה מתאר את מידת ההיענות של המטופל להוראות הרפואיות הניתנות לו. מידת שיתוף הפעולה משקפת ישירות את יעילות התקשורת עם הרופא, מאחר שהיא משקפת את המוטיבציה של המטופל, אם כי אין כאן קשר ישיר הכרחי, שהרי חולים נטולי מוטיבציה יכולים למלא באופן פסיבי אך בקפדנות אחר הוראות הרופא, וגם להיפך. ככלל, בפועל ניתן להעריך את מידת שיתוף הפעולה רק באופן רטרוספקטיבי.

מעקב אחר הוראות הרופא קובע את תוצאות הטיפול. אבל יש מטופלים שאינם עושים זאת. כדי להבין מדוע, יש לבחון שתי קבוצות של סיבות:

הקבוצה הראשונה קשורה לפרקטיקה רפואית הלוקה בחסר. חוסר סמכות, הבעת עניין שטחית מצד הרופא, הוראות סותרות, מחלוקת בין רופאים והיעדר אמונה של הרופא בהצלחת הטיפול – כל אלה סיבות טובות לשיתוף פעולה לקוי. הקפדה על נטילת תרופות דורשת דיון נפרד. השימוש במספר רב של תרופות בתכנית אחת והתדירות הגבוהה של צריכתן קשורים ישירות לירידה במידת שיתוף הפעולה.

הקבוצה השנייה קשורה לגישה של המטופלים עצמם. ברוב המקרים מדובר במוטיבציה נמוכה לטיפול (נדון במאמר המקביל). הסיבה הנפוצה ביותר לכך היא הגדרת חסר בחשיבות הטיפול והיעדר אמונה ביעילותו. יש גם קבוצה נפרדת של חולים המכונה בפינו "חולים חכמים". אלה מפרשים מרשמים רפואיים באופן חופשי למדי על סמך הבנתם את הבעיות הרפואיות. הם משנים את הטיפול התרופתי שלהם בעצמם, והיעדר היעילות של הטיפול קשור להתערבותם בתהליך הטיפול.

הבעיה היא שרוב הרופאים אינם מעודכנים אודות השינויים האלה וממשיכים להגיב להיעדר ההשפעה על ידי הגדלת מינונים, הוספת תרופות חדשות או החלפת תרופות ישנות. כל זה מגדיל את מספר התרופות בשימוש, ובהתאם לכך – את הסיכון לתופעות לוואי ובמקביל – מפחית עוד יותר את שיתוף הפעולה. נוצר מעגל קסמים עם מנגנון משוב שבור. "חולים חכמים" מסוגלים להסוות את ההתאמה שעשו לעצמם בדרכים שונות. הדרך הנפוצה ביותר היא הדגשת תופעות הלוואי של התרופות, אשר, ככלל, מתגלות על ידי הרופא, מה שמאלץ אותו להפסיק מיד את הטיפול.

לחוסר ההתחייבות למלא אחר הוראות הרופא השפעה שלילית נוספת – היא משפיעה על המוטיבציה של הרופא לעזור למטופל. לא קשה לרופא בעל ניסיון להבין עד כמה עבודתו מבוקשת, ולאחר מספר ניסיונות להסביר את חשיבות הטיפול, עלול להיווצר מצב שבו הרופא מטפל כביכול, והחולה מטופל. מילוי הוראות הרופא הוא זכות מודעת של המטופל, הנקבעת על ידי מצב רפואי ספציפי, ומשקפת את האמון ברופא וקובעת את תוצאות הטיפול.

לכן, מצב רגיל הוא כאשר נפח הטיפול מתואם עם המטופל בתחילת הדרך, ובהמשך הוא מתבצע בצורה מדויקת ככל האפשר, ובמידת הצורך מותאם מחדש במשותף.