בהיסטוריה של התפתחות הרפואה המערבית שלושה שלבים עיקריים הנוגעים לאסטרטגיית השימוש בנתוני מדע הרפואה. השלב הראשון הוא שלב הרפואה האמפירית אשר התבסס בעיקר על הניסיון הרפואי האישי שהצטבר ועל דעות מקובלות. חשיבות רבה יוחסה בשלב זה לחשיבה קלינית ולאינטואיציה רפואית. הבסיס המדעי נבנה על תוצאות ניסויים קליניים קטנים רטרוספקטיביים, ניסיון של רופאים ומרפאות בודדות, מסורות, דוחות מקרים וקונצנזוס מומחים. בתי ספר לרפואה התפתחו על בסיס אוניברסיטאות לרפואה במדינות המפותחות ביותר ואופיינו בחזונם, בהבנתם ובגישותיהם. שיתוף הפעולה המדעי והמעשי היה מוגבל. המתקדמים ביותר במאות ה -19 וה -20 היו בתי הספר לרפואה הגרמנים והאוסטרים.

השינויים המהירים שהתחילו להתרחש במדע ובטכנולוגיה בסוף המאה העשרים היו קשורים קשר הדוק למדע הרפואה. נתונים רפואיים סותרים, הכנסה מסיבית של תרופות וטכנולוגיות חדשות לשוק הרפואה, דינמיקה גבוהה של שינויים בגישות ובמושגים –כל אלה לא התאימו לדגם האמפירי הקיים. כתוצאה מכך את השלב האמפירי החליפה רפואה מבוססת ראיות (ראו את החלק המקביל באתר).

בתחילת המאה העשרים ואחת התרחשו מהפכות מדעיות חדשות ברפואה. המהפכה הגנטית מאששת את ההבנה הגוברת של הפתולוגיה הגנטית בהתפתחותן של מחלות ומאפשרת גישות טיפוליות חדשות המבוססות על הבנה זו. מהפכת המחשוב – כתוצאה מהצמיחה האקספוננציאלית של כוח המחשוב, מאפשרת מהפכה זו ייצור ואחסון של נתונים רפואיים, רשומות אלקטרוניות ותמונות. הישגים אלה קבעו את השלב העתידי של הרפואה המערבית, את שלב הרפואה המותאמת אישית על סמך ניתוח הקוד הגנטי האישי והמידע הרפואי האישי על החולים.

במה שונה הרפואה מבוססת הראיות מהרפואה המותאמת אישית, זו של המחר? ההבדל העיקרי הוא בהתייחסות למטופל. רפואה מבוססת ראיות רואה את החולה כנציג של קבוצת אנשים המאוחדים על ידי תסמין אחד (מחלה). כך נבנה תכנון המחקרים העיקריים, איחוד חולים לקבוצה אחת וניתוח תכונות הקבוצה כולה על פי הדגם של אובייקט אחד ממוצע ומופשט. לפיכך, מטופל אחד ללא זיהוי משקף את התכונות של הקבוצה כולה, שמשתתפיה נקבעים על פי המאפיין הנבחר. ההיגיון של הרפואה מבוססת הראיות מבוסס על חשיבות המכנה המשותף (השאלה העיקרית היא מה משותף לחולה מסוים עם קבוצת חולים בעלי תסמינים דומים), ובהתאם לכך – נבחרת אסטרטגיית טיפול. ואולם אין לזלזל במאפיינים האישיים של המטופל, בפרופיל הרופא, בתנאי הסביבה וכד'. כל אלה אינם נלקחים בחשבון במידה מספקת ברפואה מבוססת הראיות.
המושג של הרפואה המותאמת אישית מתמקד במאפייניו של כל מטופל. ההיגיון של הרפואה המותאמת אישית מבוסס על חשיבה אנליטית ודיפרנציאלית (השאלה העיקרית היא מה ההבדל בין החולה הזה לבין חולים אחרים בעלי אותה אבחנה קלינית).

לפיכך, העיסוק הרפואי ברפואה המבוססת על ראיות מבוסס על תקני טיפול בהתאם לעקרונות המקובלים (הנחיות), והאסטרטגיה הרפואית של הרפואה המותאמת אישית מבוססת על מאפייניו האישיים של המטופל (גנטיקה, ניתוח אינדיקטורים אישיים ותגובות).

המיקוד המדעי של רפואה המבוססת על ראיות מבוסס על זיהוי קשרים בין תופעות להשפעות, קשרים המוכחים סטטיסטית, ולעומת זאת – המיקוד של הרפואה המותאמת אישית – בקביעת מנגנוני הקשרים.

הצלחתה של אסטרטגיית הרפואה מבוססת הראיות מוערכת ברחבי העולם על סמך התוצאות ברמת האוכלוסייה או החברה (למשל, עקב השימוש בגישה זו, התמותה במדינה ירדה ב-1%) הצלחתה של הרפואה המותאמת אישית מוערכת באופן אינדיבידואלי, ברמה של המטופל הספציפי.

רפואה מותאמת אישית אינה דוחה את הישגי הרפואה מבוססת הראיות, אלא משדרגת ומעשירה אותה. לאחר התפתחותה של הרפואה מבוססת הראיות נוצר שלב מעבר ברפואה, והוא הניסיון לגשר בין הגישות על סמך הנחיות העושות שימוש במחשבונים רפואיים.